Geologie, Paläontologie, Archäologie

Die meisten Gesteine und Versteinerungen des Museums stammen aus dem nördlichen Schleswig-Holstein und Skandinavien. Der Großteil befindet sich im geologisch-paläontologischen Schaumagazin Eiszeit-Haus (s. www.Eiszeit-Haus.Flensburg.de). Einen kleinen Teil zeigt das Museum in seiner Dauerausstellung auf dem Museumsberg.
Die historischen Sammlungen von Hans Philippsen und Paulus Paulsen liegen separat und sind größtenteils digital erfasst.
Im Eiszeit-Haus werden auch Leihgaben von schleswig-holsteinischen Sammlern präsentiert (Rolf Bertling, Werner Bilz, Helmut Köller, Axel Paulsen und Holger Tüxen).
Die steinzeitlichen Objekte der kleinen archäologischen Sammlung stammen vor allem insbesondere aus dem Hafenbereich Flensburgs und sind teilweise im Werk von Röschmann (1963): "Vorgeschichte des Kreises Flensburg“ erwähnt.